يشرف السيد رئيس الجامعة، السيد تبون فتح الله، بمعية طاقم إداري يساعده في الاشراف والقيام بمسؤولياته ترقية وادارة جامعة الدكتور مولاي الطاهر , إذ  يتكون هذا الطاقم من: السيد مصباحي حبيب نائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالتكوين العالي في الطورين الأول والثاني والتكوين المتواصل والشهادات وكذا التكوين العالي في التدرج السيد امين عبد المالك نائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالتكوين العالي في الطور الثالث و التأهيل الجامعي و البحث العلمي و كذا التكوين العالي ما بعد التدرج السيد قندوزي توفيق نائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالتخطيط والتنمية والاتجاه. السيد سليماني ميلود نائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالعلاقات الخارجية و التعاون و التنشيط و الإتصال و التظاهرات العلمية. السيد والي نور الدين الأمين العام