يشرف السيد رئيس الجامعة، السيد تبون فتح الله، بمعية طاقم إداري يساعده في الاشراف والقيام بمسؤولياته ترقية وادارة جامعة الدكتور مولاي الطاهر , إذ يتكون هذا الطاقم من:السيد مصباحي حبيبنائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالتكوين العالي في الطورين الأول والثاني والتكوين المتواصل والشهادات وكذا التكوين العالي في التدرج
السيد امين عبد المالكنائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالتكوين العالي في الطور الثالث و التأهيل الجامعي و البحث العلمي و كذا التكوين العالي ما بعد التدرجالسيد قندوزي توفيقنائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالتخطيط والتنمية والاتجاه.السيد سليماني ميلودنائب رئيس مديرية الجامعة المكلف بالعلاقات الخارجية و التعاون و التنشيط و الإتصال و التظاهرات العلمية.
السيد والي نور الدينالأمين العام