ينقسم الهيكل التنظيمي لجامعة الدكتور مولاي الطاهر إلى هيئتين مركزيتين: أعضاء مجلس الإدارة والمجلس العلمي.
 
مجلس الادارة
 المجلس هو هيئة إدارية برئاسة ممثل عن وزير التعليم العالي والبحث العلمي.
 مجلس إدارة يتألف من:
   ممثلين من القطاعات التالية:
     * وزارة المالية،
    * وزارة التكوين المهني،
    * السلطة من الخدمة العامة،
    * السلطة للبحوث العلمية،
    * وزارة التربية والتعليم،
    * وزارة العمل،
    * وزارة الصحة،
    * وزارة التجارة،
    * وزارة الزراعة،
    * وزارة المؤسسات الصغيرة والمتوسطة،
    * وزارة العدل،
    * وزارة الأشغال،
    * المقر الرئيسي للجامعة ولاية.
 
  من الأعضاء المنتخبين:
     * ممثل مدرس في كلية العلوم الزراعية والعلوم البيطرية،
    * ممثل مدرس في كلية العلوم والهندسة،
    * ممثل مدرس في كلية العلوم الإنسانية والاجتماعية،
    * اثنان من ممثلي الموظفين الإدارية والفنية والخدمية (ATS)
    * ممثلين اثنين من الطلاب.
 
  أعضاء من استشاري
     * رئيس الجامعة،
    * والعمداء،
    * ونواب الرئيس،
    * الأمين العام،
    * رئيس المكتبة المركزية.
 
يجوز للمجلس دعوة أي شخص يمكن أن تساعد في عملها.
 ويجتمع المجلس مرتين في السنة في دورة عادية بناء على طلب رئيسها. فإنه قد يجتمع في دورة استثنائية بناء على طلب من رئيس الجمهورية أو رئيس الجمهورية أو ثلثي أعضائه.
 
المجلس يناقش في:
     * خطط التنمية في جامعة على المدى القصير والمتوسط ​​والطويل
    * والبرنامج المقترح للتدريب والبحوث،
    * مقترحات لبرامج التبادل والوطنية، والتعاون العلمي الدولي،
    * التدريب السنوية والبحوث الجامعية،
    * للمشروع الميزانية والحسابات من الجامعة،
    * ومشروع خطة إدارة الموارد البشرية في الجامعة،
    * وقبول الهبات والوصايا، والمؤسسات والتبرعات والمنح المختلفة،
    * والمشتريات والمبيعات أو استئجار المباني،
    * يتم التعاقد على قروض،
    * اقتراح إنشاء فروع والإنصاف،
    * تقدير من الموارد الذاتية في الجامعة وطرائق استخدامها داخل
      تطوير أنشطة التدريب والبحوث
    * استخدم كجزء من خطة التنمية التي تضطلع بها الجامعة من العائدات التي اتخذت من
      مشاركة وإنشاء شركات تابعة،
    * اتفاقات الشراكة مع مختلف الاجتماعية الاقتصادية،
    * النظام الداخلي للجامعة،
    * وذكر التقرير السنوي الذي قدمه رئيس الجامعة.
 
المجلس العلمي
 المجلس العلمي هي هيئة استشارية.
 المجلس العلمي للجامعة يعطي المشورة والتوصيات في:
     * والخطط السنوية ومتعددة السنوات للتدريب والبحوث الجامعية،
    * مشاريع من تعديل، وخلق أو حل الكليات والمعاهد والإدارات والحالة
       المناسبة المرفقين، وحدة البحوث والمختبرات البحثية،
    * برامج التبادل وطنية ودولية للتعاون العلمي،
    * ميزان التدريس والبحوث الجامعية،
    برامج الشراكة * من الجامعة مع مختلف الاجتماعية الاقتصادية،
    * برنامج الفعاليات العلمية للجامعة،
    * إن الإجراءات الاستفادة من نتائج البحوث العلمية،
    * الميزانيات العمومية ومشاريع اقتناء الوثائق العلمية والتقنية.
 
المجلس العلمي يتألف من:
     * ورئيس الجامعة من رئيس الجامعة،
    * ونواب الرئيس،
    * والعمداء،
    * ورؤساء المجالس العلمية للكليات،
    * ومديري وحدات البحث، إن وجدت،
    * رئيس المكتبة المركزية،
    * اثنان من الممثلين المنتخبين من قبل أعضاء هيئة التدريس من المدرسين،
    * عضوان الخارجية الذين هم المعلمين الذين ينتمون إلى جامعات أخرى.
 
يجوز للمجلس دعوة أي شخص اختصاصها هو مفيد في عملها.
 يجتمع المجلس مرتين في السنة في دورة عادية، ويجوز أن يجتمع في دورة استثنائية بناء على طلب من رئيسها أو بطلب من ثلثي أعضائها.
 إضافة إلى المجلس العلمي للجامعة، كل من المدارس الثلاث لديها المجلس العلمي لكلية. كما في كل قسم ضمن أعضاء هيئة التدريس لديها لجنة علمية من وزارة.
* ان كل هذه الهيئات تعتبر هيئات وأطراف استشارية.