تضم جامعة سعيدة الدكتور مولاي الطاهر أربع (04) نيابات مديرية، تشكل الأذرع التنفيذية لرئاسة الجامعة في المجالات البيداغوجية والعلمية والتنموية والعلاقات الخارجية.
, نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالتكوين العالي في الطورين الأول والثاني، والتكوين المتواصل والشهادات، وكذا التكوين العالي في التدرج. , نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالتكوين العالي في الطور الثالث، والتأهيل الجامعي، والبحث العلمي، وكذا التكوين العالي في ما بعد التدرج. , نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالتنمية والاستشراف والتوجيه. , نيابة مديرية الجامعة المكلفة بالعلاقات الخارجية والتعاون والتنشيط، والاتصال والتظاهرات العلمية.
