Le Conseil Scientifique de l'université se compose : du Recteur, des Vice-Recteurs, des doyens des facultés, des présidents des conseils scientifiques de facultés, du responsable de la bibliothèque centrale de l'université, de représentants des enseignants pour chaque faculté élus parmi les enseignants du rang le plus élevé, de représentants élus du corps enseignant, et de deux personnalités extérieures, enseignants dans d'autres universités. Le Conseil peut inviter toute personne dont la compétence est de nature à éclairer ses travaux.
Conformément au décret exécutif n° 03-279 du 23 août 2003 fixant les missions de l'université et les règles particulières d'organisation et de fonctionnement, le Conseil Scientifique de l'université émet ses avis et recommandations, notamment sur : les plans annuels et pluriannuels de formation et de recherche de l'université ; les projets de création, de modification ou de dissolution des facultés, instituts et départements et, le cas échéant, des annexes, unités et laboratoires de recherche ; les programmes d'échanges et de coopération scientifique nationale et internationale ; les bilans de formation et de recherche de l'université ; les programmes de partenariat de l'université avec les différents secteurs socio-économiques ; les programmes de manifestations scientifiques de l'université ; les travaux de valorisation des résultats de la recherche ; les bilans et projets d'acquisition de documentation scientifique et technique. Il propose également les orientations des politiques de recherche et de documentation scientifique et technique de l'université, et se prononce sur toute autre question à caractère pédagogique et scientifique que lui soumet son président.
